除了SRA，数据上传国内的GSA也是极好的（详尽版操作指南）
前面我们发表了关于NCBI的SRA数据库的上传指南，一步一图详解最新的SRA数据上传方法（内含常见报错解决方法） | 微生物专题。
但相较于SRA，GSA更加安全便捷。GSA系统遵循国际核苷酸序列数据联盟相关数据库建设标准，有效缓解了我国生命组学数据汇交、存储与共享困难的问题，为我国国家生物信息中心的建设奠定了坚实的基础。
（https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/）。
下面我们就通过实操，介绍一下将数据上传至GSA数据库的注意事项，以飨读者。
在上传数据之前，首先要找到原始序列数据，以联川生物的数据为例，文件名称一般为Data的压缩包，里面是某项目中所有的样本的原始数据的序列文件，需要先把Data文件夹解压，每个样本有一个独立的文件夹，文件夹里面是需要上传的原始数据，文件夹里的文件不需要再解压，可以直接上传。
首先，打开GSA注册链接
https://ngdc.cncb.ac.cn/account/register?service=https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/login（如果已有账号跳过该步骤）。
注意：注册完成后，GSA 会往填写的邮箱发激活邮件，注意查收并在24小时内点击邮件中的网址进行激活。
点击链接
https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/submit/gsa/list
或点击提交上传数据；
点击BioProject提交入口
点击新建BioProject
上述步骤为准备工作，此为上传数据第一步--提交者信息，完成后点【保存并进入下一项】 完成该步骤；
注意事项：标*为必填项（注册信息填写的比较详细时，此步骤系统会自动填充）；
确认数据释放时间，并填写项目标题、项目说明ing信息，完成后点【保存并进入下一项】 完成该步骤；
注意事项：标*为必填项，每个条目均有注释信息，可以根据注释信息填写，无项目批准号的可以填写N/A
按照您的样本类型进行勾选，完成后点【保存并进入下一项】 完成该步骤；
Tips：微生物项目数据类型一般选择Metagenome（此处的宏基因组不是特指宏基因组项目，是指宏观的，不是单独培养的），样本范围选择环境，原因是混合的物种，非单独培养；
若文章已经发表，可以填写Pubmed ID或DOI号，但大部分情况下都是在文章发表前上传的原始数据，所以此步骤可以直接跳过；
核对信息无误后点击提交，特别是释放日期等信息；
上面的步骤是填写BioProject信息，接下来是BioSample的填写；
这一步与BioProject类似；
需要填写前面新建的BioProject编号；
Tips：点击项目编号可以自动识别已创建的BioProject编号。
根据实际情况选择类型，微生物项目一般选择“Metagenome/Environmental Sample”，根据实际样本选择具体条目；
下载模板填写完成后上传，有示例文件可以参考；
注意：“绿色标题列”为必填项，“蓝色标题列”为至少选填其中一项，“灰色标题列”为选填项，如果无法提供，可以为空。
上传后需点击校验，通过后，完成后点【保存并进入下一项】 完成该步骤；
核对提交的信息是否有误，完成后点【保存并进入下一项】 完成该步骤；
重点核查内容：项目编号，发布日期及样本名称等信息。
选择GSA数据库上传我们的微生物数据；
已创建BioProject和BioSample，新建GSA即可；
提交者信息与上面的步骤一致，不过多赘述
填写标题、描述信息及BioProject，已新建BioSample；
完成后点【保存并进入下一项】 完成该步骤；
GSA批量表格由两部分组成Experiment和Run表，同样有示例文件，需要注意的是微生物项目的测序平台等信息，Experiment sheet具体信息如下：
表格中的信息根据具体项目情况填写，此为扩增子项目的参数，宏基因组的测序技术选择“WGS”，建库方式为“RANDOM”，读长为150bp；
注意：ID列需为类型的首字母开头，下载的模板中包含第一个ID号，下拉填充和即可。
Run sheet中需要注意的是需要填写Experiment sheet中的ID号，文件名称要与手机压缩包名称一致，需要填写md5值；
注意：上传双端文件时，需在*File name 2处填写R2端结果。
完成后点【保存并进入下一项】 完成该步骤；
（1）选择FTP上传
推荐使用FTP上传，传输过程中较为稳定。下载FileZilla软件（可点击百度网盘链接获取安装包，链接：
https://pan.baidu.com/s/1-G9d706FAvcdF1LLPSnObA?pwd=n0lu
提取码：n0lu），登录名、账号和密码见上图，端口写21即可。
Tips：此处的账号、密码与登录GSA的一致。
主机填写Address，若读取目录列表失败，可以在远程站点处手动输入路径。
（2）使用 Aspera 命令行进行上传
需要注意的是获取 key file，放置绝对路径，以及在相应文件夹上传所有样本的原始数据，然后运行 Aspera 命令行进行数据上传；
（3）使用Aspera Connect浏览器插件上传文件
网址均含有详细说明，可根据说明操作实现数据上传；
上传完成后点击【保存并进入下一项】 完成该步骤；
核对提交的原始数据是否正确，若有问题可以修改，若没有问题可以点击提交；
提交后可以看到项目信息及状态：
根据官方声明，数据信息与文件审核归档约需要 1-2 天（数据量越大相应所需时间越长，微生物项目的数据一般不是特别大，时间上不会特别久），归档成功后注册的邮箱会收到一封通知邮件，若有问题也将在邮件中告知，请及时关注邮箱；
在归档完成前若需修改、补充或删除，可以通过查找编号进入修改页面；
若归档完成之后修改和补充，需要想GSA 官方邮箱（gsa@big.ac.cn ）联系。
以下是在售后过程中常见的一些问题，您在上传原始数据时若遇到报错，可以重点排查以下内容：
1.上传的两个文件中分析名称对应不上
在Excel填写时，经常使用下拉填充，就会导致两个文件中的内容不一致，除了分析名称还有其他的内容也要注意这个问题。
2.GSA_Template.cn.xlsx文件的问题
常见的是只填写了一个sheet，或者Run sheet中的ID号与Experiment sheet中的对应不上，上传时若出现某行缺元素，某些是必填之类的的提示，很有可能是少写了一个sheet；
若出现某元素找不到，大概率是ID号没对应上。
3.MD5值问题
Run sheet中MD5值与实际文件的MD5值不符，此问题多为上传完成后，通过邮件告知，会提示哪些样本的MD5值不匹配。
Tips：所有的报错均有相关提示，且有示例文件，上传过程中需仔细核对上传的表格及实际的文件名称。
所见即所得，绘图高规格联川云平台，让科研更自由